由于海底地壳隆起、海面上升，日本列岛最终形成。日本列岛南北两端，均由大陆架和大陆断续相连。也就是说，当时的“日本”还不是“列岛”。
日本群岛位于亚洲东部边缘，在北纬31°～46°之间，由北海道、本州、四国和九州四个大岛及附近3，900多个小岛组成，呈向太平洋凸出的弧形列岛。在第四纪时，由于日本海和台湾海峡的沉降而形成今日的弧形列岛。日本全部面积为37.7万平方公里，其中四大岛为36万平方公里。日本群岛的地理位置，是形成日本这个自然综合体的前提。
地形
日本群岛在水平地形上的特点是：岛势狭长，海岸曲折，海湾众多，因而群岛的任何地方离海岸都在100公里以内。日本地表崎岖多山，平原面积狭小，山地和丘陵在群岛的地形中最占优势，据统计，日本国有75%的面积为山地和丘陵，其中纯山地即占全国土地的60%。山地的走向和排列多与海岸平行，分内外两带，内带位于日本海一侧，主要包括奥羽、越后、飞驒等较大山脉;外带位于太平洋一侧，主要包括北上、阿武隈、关东、木曾、纪伊、四国、九州等山脉。日本群岛的平原和低山仅占日本面积的13%，临近东京湾的关东平原是本国最大的平原，面积1.6万平方公里，海拔仅50米，其前身为东京湾的海底，如今是日本的政治、经济和文化中心。此外，还有名古屋附近的浓尾平原，大阪、京都一带的畿内平原等。
地震带
日本群岛是属于环太平洋火山地震带的一环，素以多火山地震著称于世。全境火山可分为8列，即千岛火山脉、那须火山脉、鸟海火山脉、富士火山脉、乘鞍火山脉、白山火山脉、阿苏火山脉和雾岛火山脉。其中雾岛火山脉从九州南部向西南延至琉球群岛，并与台北大屯火山遥相连系。圆锥形的火山是日本最普遍、最重要的一种型式，富士山是其典型代表，此山原是一座活火山，已有百余年未见活动，山顶积雪、四时不化，有日本阿尔卑斯之称。此外还有盾状火山，但不如圆锥状普遍，海拔1，592米的阿苏山，即是一座典型的盾状活火山，火山口至今还常喷出大量的烟气和火山灰。日本是一个多地震的国家，地震带分为两列，日本海沿岸的称内侧地震带，太平洋沿岸的称外侧地震带。大地震多发生在外侧地震带，危害性最大的地震区是在大阪、名古屋和东京附近一带地区。1923年9月1日的关东大地震，引起海啸，死伤17万多人。
总结：在亚洲大陆的东部边缘，经过激烈的地壳变动，呈弧状南北走向的日本列岛的基本构架开始形成，并在更新世几经变化，而引起这种变化的一个主要原因，就是冰川的消长。
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